Con base en los indicadores biofisicos submarinos establecidos para evaluar la afectividad del Parque Nacional Zona Marina Archipiélago Espíritu Santo, se implementó un programa de monitoreo a largo plazo en el que participan instituciones de educación superior (Universidad Autónoma de Baja California Sur) centros de investigación (CICIMAR), organizaciones de la sociedad civil (Niparaja) y pescadores. Este monitoreo corresponde a los años de 2005 a 2011 y actualmente está por terminar el monitoreo actualizado. Se obtuvieron resultados sobre tallas de peces comerciales, índices ecológicos de peces por temporada y de investebrados por temporada. Esta información es útil para identificar tendencias y variabilidad de las poblaciones y sus causas probables, a fin de hacer ajustes en la gestion del Parque Nacional.