La gestión participativa es clave para Santuario Nacional Megantoni (SNM), por ello promueve los acuerdos de conservación (AC), con asociaciones de productores, comunidades nativas y la empresa privada como La Ibérica (empresa chocolatera) y PERHUSA (empresa exportadora de café), con la finalidad de promover la conservación de la biodiversidad del SNM y dinamizar el desarrollo local.

Actualmente se tienen 06 AC, que benefician a 248 familias y estas a su vez retribuyen protegiendo 58 367 ha del SNM y 33 459 ha en la zona de amortiguamiento mediante acciones de vigilancia comunal. El SERNANP acompaña en el proceso, capacita y reconoce a los vigilantes comunales. Las empresas compran el cacao y café a precios justos y hacen uso del sello “Aliado por la Conservación”, certificación que demuestra que los servicios o productos son elaborados bajo un esquema de buen uso y manejo