La Reserva Biológica Limoncocha al ser un sitio RAMSAR, en el año 2016 con el apoyo de Aves y Conservación implemento el monitoreo participativo de humedales, en donde se establecieron protocolos de monitoreo de fácil ejecución para que puedan ser aplicados por personas que no tengan un vasto conocimiento técnico científico sobre el tema, los protocolos fueron establecidos para monitoreo de aves, peces y macroinvertebrados acuáticos.

Con el creciente interés sobre la observación de aves en el 2017 se comenzó a participar en dos conteos de aves de importancia internacional, el “Global Big Day”, organizado por la Universidad de Cornell, y se registró a Limoncocha como uno de los sitios oficiales de Ecuador para el “conteo navideño de aves de AUDUBOM”, fueron establecidas rutas dentro del AP y en su zona de influencia. Con los conteos participativos se pretende ir posesionando a Limoncocha como un destino de aviturismo e incentivar a la población local para que participe en este tipo de actividades, y se beneficien de ello.